Die ersten Bewohner des dichten Gabuner Regenwaldes waren wahrscheinlich Pygmäen-Jäger. Sie hatten keine festen Siedlungen, sondern zogen im Wald umher auf der Suche nach Wild. Etwa Mitte des 15. Jahrhunderts kamen die ersten Bantu aus dem Nordosten in das Land. Die gefundenen vorgeschichtlichen Werkzeuge zeigen eindeutig, dass die Steine aus den Gebieten des Kameruner Adamaua-Hochlandes und dem zentralafrikanischen Hochland von Buar kommen. Zwischen 1472 und 1482 entdeckten die Portugiesen diesen Teil der Küste und gaben verschiedenen Punkten portugiesische Namen, wie zum Beispiel Cap Esterias, Cap Lopez, Gabao-Bucht… woraus Gabun geworden ist. An der Küste trafen die Portugiesen bereits Bantusiedlungen an, vor allem solche der Mpongwe. Es kam zu Handelsbeziehungen, bei denen die Europäer vor allem Abnehmer von Frischgemüse, Frischobst, Knollengewächsen, Gewürzen und Elfenbein waren. Die Gabuner kauften in erster Linie Gegenstände aus Kupfer und Eisen, Stoffe, Gewehre und Schießpulver. Als man Arbeitskräfte für die amerikanischen Plantagen benötigte, kam es am Cap Lopez auch zu Sklavenhandel. Im Vergleich zu Westafrika blieb dieser aber bescheiden, denn das Land war nicht sehr bevölkert. Bereits im 16. Jhd. traten britische, niederländische und französische Händler an der Gabuner Küste auf und im 19. Jhd. folgten ihnen die Deutschen. Um 1840 spielte König Denis eine bedeutende Rolle.

Inzwischen war der Sklavenhandel verboten, doch in Europa begann eine immer stärkere Nachfrage nach Wildkautschuk und Edelhölzern aus dem Gabun. Nach dem wirtschaftlichen Wettlauf kam es zu einem politischen. Erst verdrängten die Engländer die Niederländer, dann gelang es den Franzosen die Briten zu verdrängen und mit den deutschen Handelsniederlassungen wurde man sich folgendermaßen einig: die Franzosen ziehen sich aus Kamerun zurück und die Deutschen aus dem Gabun. 1884 regelten die Regierungen von Berlin und Paris diese Fragen, so dass fortan der Gabun als französische Kolonie international anerkannt war. 1886 wurde ein eigenes Territorium Gabun geschaffen. 1888 jedoch wieder aufgelöst, das heißt, mit dem Französischen Kongo zusammengelegt. 1910 wurde der Gabun wieder zu einer eignen Verwaltungseinheit im Rahmen der großen Föderation Afrique Equatoriale Francaise. 1958 wurde nach der Volksabstimmung die AEF-Föderation aufgelöst und das Territorium Gabun erhielt die innere Autonomie mit der Bezeichnung Republik. Am 17. August 1960 erlangte der Staat die volle Unabhängigkeit und wurde noch im gleichen Jahr als Mitglied der Vereinigten Nationen aufgenommen. Mit Stolz wurde mehrfach darauf hingewiesen, dass der Gabun nicht ein von Europäern erobertes Gebiet war, sonder freiwillig Verträge mit Europäern schloss.

Zum ersten Staatspräsidenten wurde Léon Mba gewählt, der lange Jahre hindurch sein Land in den Pariser Parlamenten vertrat. Er entschied sich für den Präsidial-Typ der Regierung, wie dies in den meisten afrikanischen Ländern der Fall ist. Der Staatspräsident ist zugleich Regierungschef, der die Minister ernennt. Das Parlament besteht aus 47 Abgeordneten und außerdem gibt es noch einen Wirtschafts- und Sozialrat, mit rein konsultativer Funktion. Léon Mba setze es durch, dass nur eine Einheitspartei besteht, was am 7. Februar 1964 zum Aufruhr führte. Mit Hilfe französischer Soldaten konnte Mba an der Macht bleiben. Nach seinem Tod 1967 wurde ein junger Verwaltungsfachmann, Albert-Bernhard Bongo, Staats- und Regierungschef. Seither kam es zu einem kraftvollen wirtschaftlichen Aufschwung.

Am 30. Dezember 1935 wird Präsident El Hadj Omar Bongo Ondimba geboren. 1958 tritt er als Beamter in die Post ein. Am 27. Oktober 1960 verlässt er die Armee mit dem Grad eines französischen Leutnants. Nach einigen Jahren als Beamter im Außenministerium, wird er im März 1962 stellvertretender Kabinettschef des Präsidenten und sieben Monate später selbst Kabinettschef. Diese Funktion als rechte Hand des Präsidenten Mba ist der Beginn seiner Regierungslaufbahn. Am 25. September 1965 wird er Präsidialminister für Verteidigung und Koordination, und ab August 1966 Informations- und Tourismusminister. Am 25. Februar 1967 wird er zum Vizepräsidenten gewählt. Nach dem Tod des Präsidenten Léon Mba am 28. November 1967 wird er verfassungsgemäß sein Nachfolger. Am 25. Februar 1973 wird El Hanj Omar Bongo Ondimba zum Präsidenten der Republik gewählt. Im Juli 1977 wird er Präsident der Organisation Afrikanischer Einheit (OAU). Am 30. Dezember 1980 spricht ihm das gabunesische Volk erneut sein Vertrauen aus, und auch am 9. November 1986 wird er wiedergewählt. Am 14. März 1990 führt er im Anschluss an den Parteitagsbeschluß der PDG das Mehrparteiensystem ein. Am 5. Dezember 1993 wird er bei den ersten Wahlen im Mehrparteiensystem zum Präsidenten der Republik gewählt. Am 6. Dezember 1998 wird er erneut im Amt bestätigt. Seit dem 4. August 1990 ist El Hadj Omar Bongo Ondimbal in zweiter Ehe mit Edith-Lucie Nguesso verheiratet, der Tochter des Präsidenten der Republik Kongo.